Институтот за агроекономика е формиран во 1977 година, како Институт за економика и организација во земјоделството. За прв пат институтот воведува своја студиска програма Агроекономика во академската 2001/2002 година. Образованата и истражувачката дејност на институтот е во областа на економските теории и нивната примена во земјоделството и руралниот развој, вклучувајќи макро и микро економија, продуктивност и профитабилност на земјоделското производство, агробизнис, менаџмент, маркетинг, однесување со потошувачите, финансии, земјоделска политика и рурален развој. Покрај образовната и научна дејност, институтот учествува и во различни проектни активности, подготовка на национални стратегии, програми и легислативи за земјоделството и рурален развој и останати. Во текот на студиите, студентите од агроекономската насока развиваат аналитички вештини за решавање на економските проблеми од областа на земјоделското производство и руралниот развој.