Институтот за храна е формиран во 2010 година и активно учествува во наставно-образовната, научно-истражувачката и стручно-апликативната дејност на Факултетот. Во негови рамки функционираат повеќе лаборатории, во кои студентите од прв циклус изведуваат практична настава, додека студентите од втор и трет циклус реализираат научно-истражувачка работа во областа на квалитетот и безбедноста на храната. Институтот е активен учесник во национални и меѓународни истражувачки проекти, при што резултатите од истражувањата се презентираат на меѓународни научни настани и се објавуваат во реномирани научни списанија. Дополнително, преку меѓународната соработка се овозможуваат студиски престои и мобилност на наставниот кадар и студентите.